备兑权证的标的资产可以有很多种，例如单个股票、一篮子股票以及股票价格指数等等。顾名思义，以指数为标的资产的备兑权证就称为指数备兑权证。指数备兑权证和股票备兑权证并没有本质上的区别，但由于标的资产本身的差别，使得二者在具体条款上也存在一定的不同。
首先，在结算方式上，股票备兑权证通常可以有现金结算方式和证券给付方式两种，而指数备兑权证都是以现金结算。即使同为现金结算，在结算价格的确定方面，股票备兑权证和指数备兑权证也存在差别。以香港权证市场为例，股票备兑权证的结算价为权证到期日前5天收盘价的算术平均价，而大部份的指数备兑权证会根据即月指数期货结算日的EAS计算。
其次，在换股比率方面，股票备兑权证和指数备兑权证存在较大的差别。例如在香港权证市场，股票权证的换股比率通常为10或者1，而指数备兑权证的换股比率则相差较大。举例来说，恒指认购证1520的换股比率为15900，而恒指认沽证7982的换股比率为18000。
指数备兑权证投资在什么情况下，投资者应该选择指数备兑权证呢？如果投资者对大市的走势有较大的把握，而在个股的选择上把握较小时，选择投资指数权证是一个较好的方法。特别是在个股分化较严重的情况下，投资指数备兑权证可以有效避免在牛市中“只赚指数不赚钱”的尴尬。
由于指数的波动幅度通常远不如个股，因此，相对于同一有效杠杆水平的股票权证来说，指数备兑权证的价格变化幅度也比较小。为了能够更好的实现权证“以小博大”的杠杆效应，在投资者对后市走势把握较大的情况下，可以选择有效杠杆较大的指数权证。
此外，在股票市场中，个股的非系统性风险可以通过分散投资有效消除，但系统性风险则不然。由于指数价格的波动可以看作是系统性风险，为了有效的管理系统性风险，可以在投资组合中加入以指数为标的资产的各种衍生产品，例如指数期货、指数权证等。因此，选择合适的指数备兑权证加入到投资组合中，可以调整投资组合面临的系统性风险。
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