证证核对是指会计凭证之间的核对。它是核对法最重要的环节。其工作量最大，过程也比较复杂。
由于会计凭证有很多种类，所以证证核对，也就包括很多方面的内容，包括原始凭证与相关原始凭证、原始凭证同原始凭证汇总表、记账凭证同原始凭证以及记账凭证同汇总凭证之间的核对，主要根据其所列要素，核对其内容、数量、日期、单价、金额、借贷方向等是否相符。
在核对记账凭证与所附原始凭证时需注意两点：
1、核对证与证之间的有关业务内容是否一致，包括经济业务的内容摘要、数量、单价、金额合计等。
2、核对记账凭证上载明的所附凭证张数与实际张数是否相符。还应该对汇总记账凭证与分录记账凭证合计，看二者是否相符；核对记账凭证与原始凭证，因为记账凭证是根据原始凭证编制的，所以记账凭证上的有关内容必须与所附的原始凭证上的内容一致。有些业务的原始凭证没有错弊，而在编制记账凭证时出现了错弊，对此可通过核对记账凭证与原始凭证是否相符来查实。
1、将记账凭证注明的所附原始凭证份数与所附的实际份数进行核对，以检查有无不相符的会计错弊。
2、将记账凭证上所有的会计科目与原始凭证上所反映的业务内容相核对，检查有无错用会计科目或故意挤占成本截留收入等会计错弊。
3、将记账凭证上所反映的金额与所属原始凭证上的金额合计数相核对，检查金额数是否相符，从中发现会计舞弊问题或因工作失误而造成的会计错误。
4、将记账凭证上的制证日期与原始凭证上的日期相核对，检查有无二者相距太远的情况。如某张付款凭证上的日期与支票存根和*上的日期相距几个月甚至更长，说明该单位在支票管理上存在问题；又如某张收款凭证上的日期与所附收取现金收据上的日期相距几个月甚至更长，可能是出纳员在一定时期将该笔现金挪用了，应进一步检查。
除结账和更改错误的记账凭证外，其他所有的记账凭证必须附有原始凭证。在核对凭证时，应注意检查有无应附而未附原始凭证的记账凭证。如发现应附而未附原始凭证的记账凭证，应检查其原因，是否为虚记该项业务的问题。例如，付款凭证后未附原始凭证，应进一步检查其是否属于凭空付款进行贪污的问题。
汇总记账凭证是根据一定暑期内的记账凭证，按照一定标准汇总编制，并用以登记总分类账的记账凭证。所以，汇总记账凭证与记账凭证存在着直接的对应关系。通过二者核对，可发现有无不相符或在此环节进行舞弊的问题。如在编制汇总付款凭证时，进行多汇总，即汇总付款凭证上的金额大于各付款凭证的合计数从而贪污其差额。
科目汇总表也称记账凭证汇总表，它是根据记账凭证定期汇总编制、列示有关总分类账户的本期发生额并据以登记总分类账的一种汇总凭证。科目汇总表与记账凭证也存在着直接的对应关系，在编制科目汇总表时，也可能出现或多或少的会计错弊，所以也应将二者进行核对以查证有无会计错弊。
进行汇总记账凭证与记账凭证、科目汇总表与记账凭证的核对，基本上是按照编制汇总记账凭证和科目汇总表的方法，根据已审阅无误的记账凭证进行编制，然后将查证人员编制的汇总记账凭证和科目汇总表与原汇总记账凭证或科目汇总表相对照，检查其是否一致，如不一致，一般说明被查单位在这个环节存在会计错弊。
进行证证核对，不是盲目地核对，而是在审阅某账户或其他会计资料时发现了疑点或线索，或者为了搞清某些问题而对特定科目的账簿进行核对。如进行“库存商品” 和“主营业务收入”明细账的核对，一般是根据查证工作方案中有关要查证产品销售是否真实、合理、正确的内容或其他查证过程中发现被查单位有隐瞒销售收入问题的疑点后进行的。
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