本科目核算客户按照有关协议在规定的限额和期限内发生的存款透支款项，如活期存款透支等。
透支款项科目客户发生透支款项时，按存款余额，借记“单位存款”等科目，按实际透支额，借记本科目，按存款余额和实际透支额之和，贷记“存放中央银行款项”等科目。客户还清透支本息时，借记“单位存款”等科目，按透支额，贷记本科目，按透支利息，贷记“利息收入”科目，如有余款，贷记“单位存款”等科目。
期末科目期末，应对协议透支进行全面检查，并合理计提贷款损失准备。对于不能收回的协议透支应查明原因。确实无法收回的，经批准作为呆账损失的，应冲销提取的贷款损失准备，借记“贷款损失准备”科目，贷记本科目。
贷款损失准备一经确认，不得转回。
本科目应按透支类型和透支人进行明细核算。
本科目期末借方余额，反映银行客户存款透支的款项。
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