股票投资审计是一项全新的审计工作，取证工作难度大，企业和一些证券营业所为了自身利益，逃避审计监督，对审计人员要求提供的资料配合不积极，因此在取得资料时应要求证券公司盖章，以确定资料的真实，防止提供不全面或虚假的资料。
股票投资审计的目的审核股票投资，是要通过检查股票投资及其投资收益是否有健全的内部控制制度，检查股票是否真实属企业所拥有; 是否按照会计准则规定进行了正确的计价和核算; 检查投资收益是否均已收取并入帐; 监督检查企业正确核算股票投资，维护投资者的合法权益; 鉴定财务报表上股票投资表述的正确性和真实性，为投资者提供管理所需要的信息。
股票投资审计的程序和方法对股票投资进行审计，涉及“长期投资一股票投资”、“投资收益”、“其他应收款——应收股利”等帐户。其审计的程序和方法是：1.首先检查企业股票投资的内部控制制度是否健全。
健全的股票投资的内部控制制度内容包括：购买股票进行投资要经过认真的分析研究，并经批准，批准购买股票的人、股票投资经办人和股票保管人员职务应分开，不得由一人兼任；股票投资及其投资收益，应具有完整、全面、详尽的记录；企业投资的股票，应以企业名义登记；定期由不承担批准、保管、记帐及经办股票投资的人员对股票进行检查，核实股票实际存在情况。
为了能够做到相互牵制，防止企业经办人员监守自盗或舞弊，许多企业都将股票交由银行或信托公司代为保管，使股票的记帐与实物保管职能分开，保证股票的安全，避免丢失和毁损。对股票投资的内部控制制度健全情况进行检查时，主要检查：
股票的保管是否和股票投资记帐人员分工明确，相互牵制，有无批准购买股票的人和记录股票投资收支帐目及保管人员职务由一人兼任的情况。
各项股票的种类、序号、面值、股数、取得成本及计息和股利收支情况，购入时间是否认真、全面、正确地予以记录，有无未作记录在帐外保存的情况。
企业投资购买的股票是否均以企业名义登记，有无以私人特别是经办人名义登记的情况，有无私自转让股票或私自用作抵押的情况。对股票的保管和记录是否定期由未参与股票投资批准、记帐、保管的人以外的职员进行检查。
若股票在企业的内部保管，应检查保管股票是否实行“两合”控制，是否非同时在场无法接触股票，有无一人在场即可取出股票的情况。
2.清点股票数量，检查股票投资帐实是否相符。
首先清点企业内部管理的所有股票，并对其股数、每股金额、股票序号取得时的成本进行核对，编制股票清点表予以记录。其次发函询证企业委托代理银行保管的股票是否真实，核对代理银行清单中所列股票种类、股票序号、股数、股票面值，取得时的成本等。
核对帐实是否相符。即根据清点和核对，询证的结果编制股票投资清单，并与企业“长期投资——股票投资”帐户进行核对，看其帐实是否相符。
3.检查股票投资业务。
检查股票投资是否正确及时地进行了正常会计处理，会计核算是否遵守会计准则有关规定，股票投资的成本核算是否正确。
检查股票投资是否遵守企业有关股票投资的规定，有无擅自改变企业决策，私自更换股票种类及改变价格购买的情况。
进行股票投资之前，企业一般要认真研究，重大的投资项目还须进行可行性研究，经充分讨论分析以后作出的投资决策是企业经营的方针政策决定，不得随意更改。
检查股票投资是否符合投资的目的
企业进行股票投资主要采取以下几种方式：一是购买普通股票，目的是为了盈利、取得股利或侍机出手赚取差价。二是吸收合并，即一个企业将另一企业全部买入进而吸收该企业，并接受其所有活动。三是通过购买另一个企业的股票而控制其经营。在对股票投资业务进行审计时要结合企业投资的目的，检查其各项投资是否符合要求，有无投资行为与投资目的背道而驰的现象。
4.检查股票取得后的核算是否正确
企业投资购买股票，在股票取得时均以其成本进行核算，但在股票投资取得以后，则要视投资者所能控制被投资者的经营和财务方针的程度而分别采用成本法或权益法进行核算。审计时要检查企业是否按会计准则要求认真正确地进行了核算，看其有无乱记股票价格或随意调整计价核算办法的情况，成本法或权益法的核算是否正确。
5.检查投资收益是否均已恰当地进行了记录和核算。
通过查阅购买股票的日期，已发布的股利等能证明投资投资收益的金额和收款日期，查明企业所有者获得的投资收益是否都已恰当正确地进行了记录，或者已经被确认为应收款。
通过查阅被投资者发放股利的资料，检查股票投资的股利是否正确；
通过阅读被投资者的财务报表，验证用权益法计算的股票投资的投资收益是否真实；
检查投资收益帐户，看其收益中有无异常，并验证其期末余款是否正确；
分析投资收益数额是否合理，特别是对股利变化较大的投资业务要详细检查，以落实投资收益的正确性和合理性；
6.检查股票投资在资产负债表上的表述是否合理。
是否按企业会计准则的规定予以表述，有无擅自对股票重新估价在报表上反映的情况，需要进行市场价和成本双重表述的，其表述情况是否真实正确，有根有据。
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