管理过程审计是指以计划、组织、决策和控制等管理职能为对象的一种经济效益审计。它通过对各种管理职能的健全性和有效性的评估，以考查管理水平的高低，管理素质的优劣以及管理活动的经济性、效率性，并针对管理中所存在的问题，提出改进的建议和意见。如对决策职能的审查，主要应查明是否制定科学的决策和程序，是否遵守合理的决策原则；决策的方法是否科学、恰当，决策的结果是否正确等。对控制职能的审查，主要应查明有无健全和科学的内部控制制度，各项控制制度是否严格执行，其实际效果如何等。
2、管理部门审计
管理部门审计，是以企业的各管理部门为基本对象，通过对企业各管理部门应承担的经济责任及其履行状况以及管理人员素质的审计，促进企业提高经济效益的一种审计活动。如对设备物资管理部门的审计，应查明是否履行了对物资消耗和存储定额的制订、采购、保管、收发和维护等职责。对财务部门的审查，应查明会计工作是否遵循了会计法规，有无严格的成本控制制度；是否采取了有效措施进行资金的筹措，减少资金占用，提高资金使用效率等。企业内部审计部门开展管理审计后，从过去的纠错防弊、扮演“警察”角色为主向高层次的“参谋、耳目、助手”方向发展；从真实性、合规性审计为主向注重效益审计方向发展；从以财务报表为中心的财务收支审计向以内部控制为中心的财务基础审计的方向发展；从事后审计向事前、事中审计方向发展。
对本部门、本单位在购销过程中发生的价格行为进行咨询、审核、监察，确认其真实性、合法性和效益性，提出审计意见和建议，为公开、公平、公正地进行价格决策服务。这包括购价审计、销价审计、成本价审计、造价审计和投资价格审计。
2、经济合同审计
企业在联营投资、技术引进、资源开发、设备订购、生产协作、工程施工等方面存在大量的经济合同，通过对经济合同的签定、履行、结果各个阶段的审计，及时发现影响企业权益的种种问题，如在合同签订前，即审查其是否可行、合理，可以制止无效经济合同的签订，避免给企业带来经济损失。
3、内部控制审计
内部审计对内部控制的评审主要是检查其健全性、合理性和有效性，查找“盲点”。通过符合性测试和实质性测试，对组织机构的职责分工、授权审批、会计控制、主要经营管理环节、实物控制程序以及经营实体管理等环节进行检查，评价经营管理秩序是否规范，是否严密和有效，各控制点是否由不同部门和个人去完成，有无“独揽”情况，经营管理职权是否民主科学和相互制约，寻找失控点和漏洞，提出弊端及症结所在，从而强化企业管理，提高经济效益。
4、管理过程审计
它是以计划、组织、决策和控制管理职能为内容的一种管理审计。内部审计可以通过对企业生产组织、工艺流程、技术改造、投资决策、业务经营、劳动人事等各个环节管理的经济性、效率性、效益性进行评价来实现对企业生产经营全过程的管理。内部审计机构要根据加强企业内部管理的需要，在企业管理的各个环节灵活地开展监督和服务。
“因果分析法”是从事件的起因查起，最终查出所对应的结果。“果因分析法”则正好相反，是从事件所产生的结果查起，最终透析出问题产生的原因。这两种方法各有优缺点。“因果分析法”的优点是循序渐进，环环相扣，审计内容较为全面，不足之处是审计所需时间较长，技术难度较大。“果因分析法”的优点是溯果撷因，方法简便，需要时间较短，不足之处是审计过程容易以点带面，内容不够全面。究竟哪种方法效果更好，这要视具体的审计情况和审计目的而定。一般来说，在没有审计线索的情况下，更多地采用“因果分析法”，如果审计人员掌握了审计线索，为了提高审计效率，便可以考虑采用“果因分析法”。
2、“窗帘中间拉开式”审计法
如果一个窗帘由两幅组成，在阳光充足的早晨，我们从中间拉开，眼前便会迅速地明亮起来。这种拉窗帘的方法应用到管理审计中，也会起到事倍功半的效果。具体来说，就是审计人员根据掌握的审计线索，依据自己的职业经验，对问题产生的原因做出判断。同时，向“左”追查问题产生原因的整体脉络，向“右”验证分析自身判断的准确性。这种方法也可以称为“先入为主”法。例如，某项工程成本管理审计，已知该项工程成本过高。审计人员根据经验判断，知道问题产生的原因是材料采购成本过高。依此判断，审计人员便可向“左”追寻材料采购过程及管理方式，向“右”可通过抽查票据的方式，具体验证材料采购成本是否真的过高。如果向“右”的结果验证了审计人员的判断，向“左”的工作业已完成，此项管理审计便可初步结束。这种审计方法的优点是工作效率会大大提高，缺点是如果审计人员的判断出现偏差，反而会迟滞审计工作进度。因此，运用该审计方法，职业经验不足的审计人员不宜使用。
3、“遵循性”审计法与“思维创新”审计法
“遵循性”审计法是针对管理审计中发现的问题，依据已有的管理模式和固有的思维习惯，对问题的是与非做出判断。“思维创新”审计法则相反，它根据被审计单位的实际情况并打破原有的思维方式，对问题进行判断。举例来说，企业临时用工问题，按照国企固有的管理模式及固有的思维方式，企业临时用工是不可取的，因为国企本身已经存在冗员。按照“遵循性”审计法，就会否定企业临时用工的做法。但我们如果采用“思维创新”法，换个角度去思考问题，可能又会得出不同的结论。如果由于临时用工可以使生产效率提高，所带来的经济效益大于用国有企业闲置职工，而这种大于效益又足可以抵偿临时工用工成本的话，用临时工也未尝不可。因此，审计人员不能因循守旧，死抱框框。否则，审计结论不可能是实事求是的，甚至会给企业决策带来一定的误导作用。
强调管理审计要进行深入细致地分析与解剖，并不是说管理审计要一味地在“微观世界”中探索。深入地了解“微观世界”之后，审计人员还要“跳”出来，站在一定的高度，对“微观”进行总结、提炼，使之上升到一定高度，这就是我们所说的“高屋建瓴”审计法。通常所说的“既要进得去又要出得来”，就是这个道理。“解剖麻雀”法停留在“微观”层次，“高屋建瓴”审计法则提高到“宏观世界”，二者相辅相成，缺一不可。微观是宏观的基础，没有微观只有宏观是不可能的，同样只有微观没有宏观也是不行的，站在微观和站在宏观的角度所得出的审计结论也可能是不同的。如一个集团公司，内部有许多子公司，某一个子公司车辆需要进行修理，经过考察，委托集团公司以外的单位进行修理，比集团公司内部其他公司的价格要低得多。如果站在这个子公司“微观”的角度考虑问题，就会得出用外部单位进行修理的结论，但如果站在集团公司这个“宏观”角度考虑问题，从集团公司整体效益出发，又会得出用集团公司其他子公司进行修理的结论。可见，看问题的角度和高度不同，会在很大程度上影响审计结论。
5、“否定之否定”审计法
在实际审计工作中，由于受环境和知识水平等因素的影响，审计人员做出的审计结论往往不可能一次完成，先前的审计结论可能存在一定的偏差。这时，如果审计人员发现了这一偏差，应对原有的审计结论进行否定，重新得出正确的结论。否定之否定才是肯定。审计人员只有勇于面对自己的错误，才能不断得出正确的结论。我们所说的否定之否定，并不是单指一次否定，有些情况下，可能需要多次否定才能得出正确的结论。
总之，搞好管理审计需要审计人员细致入微的工作，需要实事求是的态度，同时还需要掌握正确方法。只有这样，管理审计才能逐步迈入正轨，内部审计的职能作用才能得到更好的发挥。
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