为了保证审计工作底稿的真实、完整和可靠，还应对审计工作底稿建立严格的复核制度。因为，一份审计工作底稿往往由一位审计人员独立完成的，编制者对资料的引用、对有关事项的判断以及对有关数据的加总计算，都可能出现差错。所以，无论是国家审计还是社会审计都明确规定了对审计工作底稿的三级复核制度。
所谓的三级复核制度，是指审计工作底稿应由项目经理、部门经理和审计机构的主任会计师或专职的复核机构或复核人员对审计工作底稿进行逐级复核的一种复核制度。
三级复核制度的内容
项目经理复核是三级复核制度重的第一级复核，称为详细复核。它要求项目经理对下属审计助理人员形成的审计工作底稿逐张复核，发现问题及时指出，并督促审计人员及时修改完善。
部门经理是三级复核制度重的第二级复核，称为一般复核。它是在项目经理完成了详细复核之后，再对审计工作底稿中重要会计账项的审计、重要审计程序的执行、以及审计调整事项等进行复核。部门经理复核是对项目经理复核的一种再监督，也是对重要审计事项的重点把握。
主任会计师复核是三级复核中的最后一级复核，又称为重点复核。它是对审计过程中的重大会计师审计问题、重大审计调整事项及其重要的审计工作底稿进行的复核。主任会计师复核既是对前面两级复核的再监督，也是对整个审计工作的计划、进度和质量的重点把握。
如果部门经理作为某一审计项目的项目负责人，该项目又没有项目经理参加，则该部门经理的复核应该视为项目经理复核，主任会计师应另行指定人员代为执行部门经理复核工作，以保证三级复核制度的彻底执行。
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