不同类型的证券在不同的机构存管。日本银行作为日本政府债券的中央证券存管机构参与证券结算系统的运行；日本证券存管中心是股票的中央证券存管机构。其他类型的债券没有CDS，它们与为数众多的证券登记机构和日本债券结算网络一起组成了公司债券和其他证券的结算系统。各种债券以及交易所股票交易的结算均采用券款对付的结算方式。
在零售支付中，小额支付大量使用现金。企业和个人之间则广泛使用电子转账服务，这类支付方式包括直接借记和直接贷记。虽然电子货币和借记卡的使用非常有限，但是信用卡的使用却非常普遍。由政府经营的邮政局提供的邮政储蓄账户和邮政转账服务也被公众广泛使用。
零售支付服务渠道出现多样化趋势，新的支付手段如互联网和移动电话，和传统支付渠道如银行窗口和自动柜员机等并行存在。便利店已经成为缴纳公有事业费最常用的地点。
一、日本支付结算的制度和法律框架
在日本没有一部统一的或综合性的法律来管理支付和证券的结算，而是由很多法规综合在一起形成了支付和证券结算的法律基础。支付方面的法律包括《预付卡法》、《资本金认定法》、《银行法》、《邮政储蓄法》、《邮政资金转账法》和《邮政汇票法》；证券结算方面的法律包括《公司和其他债务证券的簿记转账法》；支付轧差安排方面，有《金融机构参与的特定金融交易的抛售轧差法》对清算进行约束。
日本大多数管理金融活动的相关法律都规定日本首相是负责处理金融方面各种问题的行政主管。这些法律中包括了对支付和证券结算领域进行管理和监督的相关法规。根据相关法律条款的规定，首相实际上把行政主管的权力委托给了金融厅。此外，财务省大臣负责日本政府债券的相关事务。法务省大臣对管理证券簿记转账的法规负责。这些法规是民法和商法的一部分。
根据《日本银行法》规定，日本银行作为日本的中央银行，其目标是对纸币、通货和货币进行控制、确保银行和其它金融机构间的支付结算顺利进行、维护有序的金融体系。因此日本银行对私营支付结算系统进行监督以实现在《日本银行法》第1条中规定的目标，即“确保银行和其它金融机构间的资金结算能顺利进行，从而为维护一个有秩序的金融体系做出贡献”。此外，《日本银行法》还规定，除了第33条提到的经常性业务，如吸收存款和资金转账之外，日本银行可以根据首相和财务省大臣的授权，在完成经常性业务的同时，从事有助于资金顺利结算的业务。这包括运营FXYCS和JGB簿记系统。
二、日本银行间支付结算系统
日本的银行间支付系统由四个主要系统组成：汇票和支票清算系统；全银数据通信系统 ；外汇日元清算系统和BOJ-NET资金转账系统。前三个系统的运营和管理由私营部门负责，参与机构在日本银行开设的往来账户，用以结算彼此之间支付的净头寸。BCCS和Zengin System主要用于小额转账。而FXYCS和BOJ-NET资金转账系统主要用于大额转账。
汇票和支票清算系统
汇票和支票清算系统主要为同一地区的金融机构提供汇票和支票的交换清算服务。截至2001年，日本共有540家汇票支票清算所。其中，东京清算所的票据交换清算金额占日本全国清算所的70%以上。
大中型金融机构，包括银行和外国银行在日本的分支机构，都是BCCS系统的直接参与机构。小型金融机构通过直接参与机构间接地加入系统进行清算。到2001年12月，加入东京清算所进行清算的金融机构为421家，其中121家为直接参与机构。日本主要的清算所由各地银行家协会负责管理负责运营）。BCCS系统的结算量从2001年到2006年有明显的下降，原因是近年来传统的汇票和支票融资正被银行信贷所取代，这类资金的支付结算因而也转向Zengin系统。
全银数据通信系统
全银数据通信系统是一个国内银行间资金转账的小额清算系统，于1973年开始运行。另外，很多小型金融机构，如信用金库、信用合作社、劳工信用协会、农业使用合作社以及区域性银行团体都有它们自己的银行间清算系统。这些清算系统的结构都与Zengin System相似。
银行以及外国银行在日本的分支机构等金融机构直接参与Zengin System的清算。小型金融机构参加Zengin System则是分别通过它们各自与Zengin System连接的清算系统来实现。到2001年12月，加入Zengin System的金融机构共有2,021家，其中154家是直接参与机构。最终用户还包括企业和个人。
Zengin系统同BCCS系统一样，由东京银行家协会负责运营。2006年Zengin系统的日均清算量超过了10万亿日元。
外汇日元清算系统
外汇日元清算系统 是于1980年建成的大额支付系统，以简化跨境金融交易日元支付的清算过程。最初，系统的运转是建立在处理纸质单据的基础上。为了适应外汇交易量的快速增长，1989年东京银行家协会对该系统进行了改造，实现了系统的自动化，并把经营权委托给日本银行。从此，外汇交易的日元清算就通过日本银行BOJ-NET系统进行。
FXYCS系统处理跨境金融交易所产生的日元支付，这些跨境金融交易包括外汇交易、日元证券交易和进出口贸易的支付。
FXYCS由东京银行家协会拥有。它的自动化系统是BOJ-NET的一部分。到2001年年底，参加FXYCS系统的金融机构共有244家，包括73家外国银行在日本的分支机构。其中有40家是BOJ-NET系统的直接参与者，其余的204家是间接参与者，他们要通过直接参与者加入FXYCS系统。
另外，持续联结清算银行于2002年进入日本，在日元外汇结算中也起到重要作用。目前FXYCS主要承担外汇交易中日元的结算功能，而CLS负责多边货币的支付清算功能。2006年FXYCS日均交易额达到18万亿日元，CLS日均交易额达到30万亿日元。
日本银行金融网络系统
BOJ-NET资金转账系统于1988年建成，它是一个联机的电子大额资金转账系统，也是日本支付结算系统的核心。BOJ-NET由两个子系统组成：一个是用于资金转账的BOJ-NET资金转账系统；一个是用于JGB结算的BOJ-NET JGB服务系统。虽然BOJ-NET资金转账系统从建成起就为资金的结算提供了两种结算方式，即定时净额结算和实时全额结算，但在2001年初日本银行废除了定时净额结算这种结算方式，使得RTGS成为BOJ-NET系统惟一可用的结算模式
日本银行提供的大多数支付服务都可以通过BOJ-NET资金转账系统处理，它们包括：同业拆借市场和证券交易所引起的金融机构之间的资金转账；在同一金融机构的不同账户之间的资金转账；私营清算系统产生净头寸的结算；以及金融机构和日本银行之间的资金转账，包括在公开市场操作的交易。通过BOJ-NET资金转账系统进行的大多数资金转账都是贷记转账，但机构内的资金划拨，也可以通过借记转账来进行。
BOJ-NET资金转账系统为日本银行所有，并由日本银行负责运营。到2001年底加入BOJ-NET资金转账系统的金融机构共有383家，其中包括162家银行，72家外国银行在日本的分支机构、83家信用金库、5家合作社的中央机构、46家证券公司、3家货币市场经纪商和其他一些金融机构，如证券交易所。2006年，BOJ-NET系统资金日均清算交易额达到102万亿日元。
三、日本非银行间支付媒介
银行存款是在日本进行零售支付中最广泛使用的支付媒介，在小额支付中则经常使用现金。此外，邮政储蓄也普遍地被用于支付。
就指令性支付工具而言，主要的支付工具是银行账户基础上的各种存款支付工具，如直接借记、贷记转账、信用卡和借记卡等无纸化媒介。汇票和支票的使用一直在减少。
在过去几年里支付渠道发生了显著变化。除了ATM和公司银行服务外，新的支付渠道如因特网银行、手机银行、便利店银行等提供的服务一直在平稳发展。
现金和存款
日本现在发行四种面值的纸币：1,000日元、2,000日元、5,000日元和10,000日元以及6种面值的硬币：1日元、5日元、10日元、50日元、100日元和500日元。
银行存款可作为指令性支付工具的一种。这类工具进行的支付一直在增加，这部分反映了多种支付渠道，如ATM系统、因特网银行、手机银行以及便利店银行的发展。
电子货币
1997年以来，一些基于信息卡的产品已经开始了商业使用。2001年Mondex向一些企业提供它的电子货币服务，在雇员的ID卡上加入电子货币功能，这种卡只能在办公大楼里使用。2001年11月，一种被称为Edy的嵌入感应式智能卡开始使用，这种卡可以用来在因特网的虚拟购物商场、少数办公大楼、购物中心和便利商店进行支付。
预付卡
预付卡是一种持卡人在购买该卡时即预存现金的电子卡，可用于发卡商提供的特定消费服务，在使用时读卡机通常会显示所剩余额。1989年生效的《预付卡法》强制要求发卡商将已发行的卡里未使用金额的一半存入法务省的法律事务管理局，以保护持卡人的利益。
直接借记
预先安排的直接借记是一种银行间资金转账安排，被广泛地运用在大范围的经常性支付中。这项服务的首次应用是在1955年支付电话费账单。从20世纪60年代初开始直接借记服务得到了迅速的扩展，现在已经被广泛地运用在公共事业费、信用卡账单、税款、学费、保险费和贷款偿还等各项费用的支付中。
贷记转账
向异地的收款人汇款，或是需要支付大笔资金时，最常用的付款方式是贷记转账。大多数贷记转账是使用电子资金转账系统进行银行间或银行内支付。银行间贷记转账一般通过私营清算系统，如Zengin System进行处理，有时也会直接通过BOJ-NET的资金转账系统进行。
借记卡
1984年日本的银行开始提供与今天的借记卡类型相同的服务，命名为“Bank POS"。日本借记卡促进委员会于1999年1月开始提供一种叫做“J-Debit”的借记卡，该服务在2001年3月扩展到全国。
汇票和支票
汇票用于商业部门的支付并能够在银行贴现。支票在政府机构和企业中被广泛地使用，但很少用来支付工资，而且个人也很少使用支票来支付账单，包括信用卡账单和公共事业费账单的支付。托收后的汇票和支票通过同城清算所在银行间进行交换。近年来，使用纸质票据支付工具的交易量一直在下降。
ATM
自动柜员机于1969年由几家城市银行首先引入，在20世纪70年代很多银行采用了联网计算机系统，使得ATM得到了迅速的推广。现在，ATM既能接受纸币也能接受硬币，既提供取款服务，也提供存款服务，并能处理信用转账和贷款。
目前，日本有9个主要的ATM联机网络，同一类型的金融机构通常用同一个网络服务。作为9个网络系统的中转中心，多功能集成提款服务系统于1990年建成，负责全国范围的ATM数据传送，并提供清算服务。使用ATM网络而引起的行间贷方和借方头寸在每个交易日结束后进行计算。计算出的银行间净头寸和其他行间支付一起通过Zengin System或金融团体自己的清算系统再一次进行清算，然后通过在日本银行或在金融团体的中央机构开设的账户进行结算。
公司银行业务
公司银行业务是公司客户在他们的办公场所就可以使用的联机银行业务服务。使用FB服务的企业通常通过电子请求自动应答网络系统或现金管理服务中心与他们的银行相连。ANSER是NTT的数据公司从1981年开始提供的一个连接企业和银行的数据传输系统。共享CMS中心于1987年开始运行，它可以使公司通过一次访问就可以和多家银行进行联系。
家庭银行业务
家庭银行业务允许个人在家中联机处理他们的银行业务，主要有电话银行业务、手机银行业务和电视银行业务。
便利店银行业务
便利店代替公共事业服务公司和电信公司接收消费者清偿账单的支付，然后通过贷记转账将相应的款项转交给收款公司。这种支付接收服务始于1987年，而且它的使用一直在增长。1999年后，便利店也在店内安装了ATM ，消费者可以得到多家银行的ATM服务，包括在某些情况下银行提供的消费者融资服务。
四、日本证券支付结算
日本银行和日本证券存管中心分别是日本政府债券和股票的中央证券存管机构。JGB交易通过BOJ-NET的JGB服务系统以实时的DVP方式进行结算，JGB服务系统是处理金融机构之间JGB转账的联机系统。存放在JASDEC股票的交易以簿记登录的方式进行结算，在证券交易所进行的股票交易的结算则采用DVP方式进行。公司债券和其他债券如政府担保债券和市政债券是在证券登记商的账簿上进行登记和转账，在日本有很多这样的证券登记商。JB Net是一个与参与者、证券登记商和日本银行相连的联机网络系统，通过它登记债券的交易可以按DVP方式结算。从2003年开始，在新的法律框架下，商业票据日本政府债券和票据
长期以来，日本在场外交易市场中没有处理JGB交易的交易确认系统或清算系统。2001年，由36家券商和交易所发起组建了日本国债清算机构的计划，2005年5月开始正式运行。作为JGB市场的中央交易对手，日本国债清算机构负责撮合市场双方的交易并最终在日本银行BOJ-NET系统中完成清算和支付。
另外，日本有两种不用进行证券实物交割的JGB结算安排：JGB登记系统和JGB簿记登录系统。证券凭证的实物交割尽管是可行的，但现在很少使用。
根据政府债券法，JGB登记系统于1906年建成，日本银行是系统中的债券登记机构。在这个系统中，登记是由登记机构以簿记方式进行的，因此JGB的转账不需要进行债券的实物交割。该系统的参与者不局限于金融机构，任何JGB的持有者都能够使用这个系统。
JGB登记系统和JGB簿记登录系统的JCB转账都是通过BOJ-NET的JGB服务系统进行处理，该系统由日本银行拥有、管理并专门服务于JGB的转账处理。1994年，通过把BOJ-NET JGB服务和BOJ-NET资金转转账系统连接起来实现了DVP方式的结算。
JGB登记系统或JGB簿记登录系统的参与者可以以书面的形式或联机的形式，通过BOJ-NET JGB服务系统把JGB交割指令发送给日本银行。
从1997年起，JGB交易的结算一直是按T+3的周期进行。在1996年滚动结算被引进之前，JGB的结算按市场惯例大体上在每个月的5日、10日、20日、25日和最后一个工作日进行，从交易发生到结算之间的平均间隔约为7天。
从2003年1月27日开始运营的JGB簿记登录系统还受到2002年6月生效的《公司债务证券转账法》的制约。在新系统中，实现了日本政府债券JGB，短期贴现国债和短期政府债券的无纸化。这些证券的交割也依据新法律以簿记登录的形式实现，而结算的基本机制没有改变。
公司债券和其他债券
与JGB相同，公司债券和其他债券，如政府担保债券、市政债券、金融债券和日元外国债券，主要在OTC市场上进行交易。
根据公司债券和其他债券登记法，多数未清偿的公司债券和其他债券都是以登记证券的形式在登记商处存管。债券的发行单位不同，登记商也不同，目前大约有160家银行是不同债券的登记机构。公司债券和其他债券的实物凭证交登记商存管，并以无纸化的形式进行登记。
日本债券结算网络有限公司负责营运一个连接参与者、登记商和日本银行的联机网络系统，并通过该网络以DVP方式对债券交易进行结算。
商业票据
商业票据市场始于1987年。1998年管制政策的放松使得银行可以发行CP，公司也可以直接面向最终投资者发行CP，这极大地促进了CP市场的发展。
在日本没有保管CP的CSD。通常CP的发行都没有标明融资人的名称，它们在二级市场上进行交易。在回购交易中，CP的交割通常是通过转让卖方准备的存放凭证而实现，CP证书在兑现之前一直以实物的形式存放在交易商处。目前大多数CP交易的结算周期都是T+1或T+2。
根据公司债务证券转账法，从2003年3月开始，发行无纸化的商业票据，并且使用JASDEC开发的簿记登录系统，按DVP方式进行结算。
股票和可转换债券
目前日本共有五大证券交易所，按照2006年上市公司数量排名依次是：东京证券交易所、大阪证券交易所、日本券商协会自动报价市场、名古屋证券交易所、福冈证券交易所和札幌证券交易所。绝大多数上市股票的交易是在东京证券交易所进行的。交易也包括场外交易，都通过JASDEC簿记登录系统进行结算。JASDAQ市场是根据证券和交易所法的有关条款，由日本券商协会管理的一个OTC交易市场。在这个市场中，股票交易的处理和价格信息的提供都通过JASDAQ系统进行。
1、在证券交易所进行的交易
证券交易所为在交易所内进行的交易提供结算前的预处理服务，如交易的确认和轧差。
对于在东京证券交易所、大阪证券交易所和名古屋证券交易所进行的股票交易来讲，证券交易所自己就是场内交易的中央对手方。对它们所代表参与者的双边债务进行冲销，从而实现市场参与者之间的多边轧差。在这个处理过程中，股票交割的轧差分品种进行，而资金转账的轧差则包括所有的发行品种。
在其他两个证券交易所进行的股票交易，股票交割分品种进行多边轧差，资金转账是在包括了所有发行品种股票交易的基础上进行多边轧差。但是，从法律意义上讲，这两家交易所并不充当所内股票交易的CCP。
2、在JASDAQ市场进行的交易
在JASDAQ进行的股票交易由日本券商协会自动报价市场公司进行确认，该公司是JASDAQ市场的运营者和中央对手方。
2003年前，证券和资金的转账都按全额的方式进行但还没有实现DVP结算。卖方交付给买方的股票，通过日本券商协会自动报价市场公司在JASDEC开设的账户进行交割。买方支付给卖方的资金，通过日本券商协会自动报价市场公司在指定结算银行开设的账户进行转账。
从2003年1月起，五家证券交易所和JASDAQ市场的股票交易都通过日本证券清算公司以DVP方式进行结算。日本证券清算公司是一家新建的清算服务公司，它作为统一的中央对手提供的服务与东京证券交易所相似。
3、其他交易
为对机构投资商的股票交易进行确认，JASDEC开发了一个结算前撮合系统，并于2001年9月投入使用。该系统的用户包括投资信托/咨询公司、信托银行、托管银行、寿险/非寿险保险公司以及证券公司。除了处理国内机构投资商进行的股票交易外，系统于2002年2月开始处理跨国证券交易和可转换债券的交易。
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